La trufa es el cuerpo fructífero de un hongo hipogeo ectomicorrícico, con esto se entiende que produce sus esporas en carpóforos debajo del suelo y que se asocia a una planta huésped de donde percibe los carbohidratos.
La planta huésped también se beneficia de la simbiosis recibiendo agua i minerales del hongo, especialmente cuando crece en suelos pobres en fósforo. En esta simbiosis, el hongo crece alrededor y entremedio de las células externas de las raíces tróficas formando una estructura conocida como micorriza que permite el intercambio de sustancias entre las especies. Las principales especies huéspedes que se utilizan actualmente para su cultivo son la encina (Quercus ilex ssp. ilex, Q. ilex ssp. ballota), el roble (Q. faginea, Q. pubescens), la coscoja (Q. coccifera) y el avellano (Corylus avellana).
La trufa negra se caracteriza por formar una zona desproveída de vegetación alrededor del árbol conocida con el nombre de “quemado”. Los quemados son una muestra de la capacidad fitotóxica de este hongo para crear un ambiente que le sea favorable, por ejemplo, reduce la competencia herbácea y con ello consigue reducir la extracción de agua del suelo por parte de ellas, también favorece la acumulación de carbonato cálcico en el suelo.
Hay pocas plantas que resistan al quemado. Entre ellas se encuentra el cerezo de Santa Lucía (Prunus mahaleb), el cornejo (Cornus sanguinea), enebros (Juniperus oxycedrus, J. communis), la uva de gato (Sedum altissimum), festuca roja (Festuca rubra), entre otras. Durante los últimos 10 años se han publicado muchos estudios científicos dedicados al conocimiento del ciclo biológico de la trufa negra debido al gran interés mundial de su cultivo, y los avances en técnicas moleculares que han proporcionado importantes conocimientos de su ecología. Las aportaciones de conocimiento más relevantes hacen referencia a los condicionantes de su desarrollo y su reproducción.
Una trufa madura contiene millones de esporas, estas se encuentran encerradas en grupos de 1 a 6 dentro de los ascos. Cada espora lleva uno de los dos tipos de cruce (MAT1-1 y MAT1-2), pero dentro de cada asca hay esporas de los dos tipos. Las micorrizas (que forman el órgano simbionte con el árbol) también poseen un solo tipo de los cruces (maiting types). La fertilización se produce cuando el micelio de una micorriza (material materno) se encuentra con un micelio del tipo opuesto (material paterno). No está demostrada la forma exacta de la contribución paterna: pueden ser esporas acabadas de germinar de trufas maduras al campo, dispersadas por animales o insectos, o también puede ser el micelio de una micorriza del mismo árbol o de un árbol vecino.
Con este descubrimiento, distintos estudios van a analizar la distribución de los dos tipos de cruce de trufa. A pesar de que se ha observado la presencia de los dos tipos en un árbol, el patrón más frecuente en campo muestra la tendencia del hecho que la mayoría de los árboles cercanos dentro de una parcela, presentan micorrizas con un mismo tipo de “maiting type”. Esta observación destaca la importancia de la introducción de material genético: esporas dispersadas por animales e insectos, la gestión de la plantación con aportaciones de esporas o técnicas de manejo del suelo para poner en contacto los dos tipos de “maiting types”.